Causada por alguna alteración en la secuencia del ADN. 

Se diferencia entre aneuploidías y mutaciones genéticas. 

Muchas veces los padres no son conscientes de ser portadores de alguna enfermedad genética. 

Los casos más frecuentes de enfermedad genética en los hombres son: 

  • Síndrome de Klinefelter: 

estos hombres presentan un cromosoma X de más. Como consecuencia, la espermatogénesis es defectuosa y no producen espermatozoides. 

  • Microdeleciones del cromosoma Y: 

se trata de pequeñas pérdidas de material genético en el cromosoma Y.  La consecuencia de esto también es una azoospermia secretora en el hombre.

  • Mutaciones en el gen de la fibrosis quística: 

los espermatozoides no pueden salir por la uretra con la eyaculación y es la principal causa genética de la azoospermia obstructiva.

Las alteraciones genéticas de los espermatozoides dan lugar a fallos de fecundación, fallos de implantación y abortos recurrentes. 

En el caso de las mujeres el más común es el síndrome de Turner, hay solamente un cromosoma sexual.