Los trastornos del sistema inmunológico y las enfermedades autoinmunes pueden ser causa de infertilidad.

Estas alteraciones son difíciles de diagnosticar, pero aproximadamente el 20% de los casos de infertilidad de origen desconocido se deben a algún tipo de trastorno inmunitario.

Tiene diferentes formas de manifestarse: puede destruir los propios gametos, impedir la implantación del embrión o incluso provocar abortos espontáneos de repetición.

En ocasiones, el sistema inmunitario falla, no puede diferenciar lo propio de lo extraño y, finalmente, actúa contra las células del propio cuerpo. Este fallo es lo que provoca la aparición de las conocidas enfermedades autoinmunes.

El embrión tiene un sistema inmune distinto al de la madre, pues también está formado por genes de origen paterno, los cuales son desconocidos por el sistema inmune de la madre.

Para que el embarazo pueda avanzar con normalidad, el sistema inmunológico de la madre desarrolla un mecanismo de tolerancia para no atacar al embrión.